[koridorom]

Вы как ИП принесли чек в инвалюте, а это уже экспорт товаров/услуг, следовательно подлежит валютному контролю + возможное оформление паспорта сделки. Таким образом прежде чем получить чек, вы должны были оформить все документы для валютного контроля и заплатить комиссию банку за валютный контроль.
Если вы обналичиваете чек, как физлицо и указываете, что "данные средства не являются доходом от предпринимательской деятельности", то такие операции не попадают под валютный контроль.

В банке вы наверняка разговаривали с операционистками или с операторами колл-центра. У них действительно есть инструкции, как проводить те или иные операции и, если операция нестандартная, то у них может и не быть инструкций, но это не значит, что банк не может делать инкассо на счет ИП. Советую в первую очередь обратится за консультацией в отдел валютного контроля, а затем в управление розничного бизнеса по поводу инкассо чеков.