[cijelome]

Ну, 54-П гласит:
3) кредитованием банком банковского счета клиента - заемщика (при недостаточности или отсутствии на нем денежных средств) и оплаты расчетных документов с банковского счета клиента - заемщика, если условиями договора банковского счета предусмотрено проведение указанной операции. Кредитование банком банковского счета клиента - заемщика при недостаточности или отсутствии на нем денежных средств осуществляется при установленном лимите (т.е. максимальной сумме, на которую может быть проведена указанная операция) и сроке, в течение которого должны быть погашены возникающие кредитные обязательства клиента банка.
Данный порядок в равной степени распространяется и на операции по предоставлению банками кредитов при недостаточности или отсутствии денежных средств на банковском счете клиента - физического лица ("овердрафт") в случае, если соответствующее условие предусмотрено заключенным договором банковского счета либо договором вклада (депозита);

Ограничения на виды и источники расчетных документов, под оплату которых выдается овердрафт, я не вижу.

В качестве аналогии, можно вспомнить обычный кредит, когда сначала сумма ссуды перечисляется на счет клиента, а за тем из этой суммы списываются комиссии. Фактически там ведь тоже идёт списание комиссий за счет кредитных средств.