Судя по Вашему описанию, ничего криминального в Вашей перепланировке нет.
Если к Вам придет ипотечный покупатель, которому прямо вот "ах-как-понравится" Ваша квартира, то он договорится с оценщиком, но необходимость договариваться с оценщиком будет дополнительным фактором для торга не в Вашу пользу.
Если Вы не затрагивали несущие конструкции, не переносили "мокрые зоны" и элементы системы отопления, и не занимались прочей серьезной самодеятельностью, то не проще ли в упрощенном порядке зарегистрировать реальное состояние планировки, нарисовав "на коленке" эскиз, подав документы в БТИ и получив технический паспорт с реальной планировкой? Это займет некоторое время и отнимет пару копеек денег, но учитывая сегодняшний избыток предложений (тем более в М.О.) и недостаток покупателей, документы близкие к идеальным будут Вашим конкурентным преимуществом.
И еще одно "если"
Если Вы выставите предложение по цене ниже рынка на 10-15-20-30%, то возможно Вы зря задаётесь таким вопросом.